Los primeros vestigios aparecidos por la zona corresponden al Paleolítico inferior. En la Edad de Bronce aparece ya una importante actividad ya que han aparecido estelas o losas de piedra donde se hacían grabaciones. A finales del último milenio antes de Cristo, se desarrolla la industria metalúrgica de bronce y oro. Se confirma la existencia de un importante flujo humano en las zonas próximas a Moraleja, sobre todo siguiendo el curso del río Alagón.

Con la construcción de la carretera de Moraleja a Zarza, se encontraron restos de un asentamiento romano, cercano al río Árrago, que es la villa romana El Ladrillar, encontrándose diversos materiales, entre los que está una hidra o tinaja para el agua, que se encuentra en el Museo Histórico Provincial de Cáceres. También se han encontrado en el mismo sitio restos de una instalación termal.

Vetones y lusitanos se distribuían el territorio en tiempos prerromanos, no se sabe muy bien los ámbitos territoriales de ambas etnias, aunque parece que en la Sierra de Gata los lusitanos ocuparían la zona occidental, mientras que los vetones estarían en la parte oriental. Ambos pueblos ofrecieron gran resistencia a la penetración romana, cesando tras el asesinato de Viriato (139 a.C.), época en la que las tierras se suman al proceso.

En tiempos de Augusto, con la división administrativa de la Hispania Ulterior, la comarca de Moraleja se incluye en la provincia de Lusitania, y más concretamente en el Conventus Emeritensis, destacando en el área de la Sierra de Gata las ciudades de Mirobriga (Ciudad Rodrigo), Caurium (Coria), Capera (Caparra). Precisamente Coria, vecina de Moraleja, ofrece monumentos tan singulares como su magnífica muralla romana, así como un buen número de inscripciones funerarias y algunos restos escultóricos. Si bien Moraleja no conserva restos romanos de carácter monumental, al menos existen algunos testimonios epigráficos que informan de un cierto grado de actividad en época romana, aunque no podemos saber si se trata de un núcleo con vitalidad propia o bien correspondiente al área de expansión de la ciudad romana de Coria.

Así podemos ver cómo en la época romana la zona de Moraleja experimente un progresivo poblamiento, con asientos estables, al menos en el ámbito rural, determinado posiblemente por la explotación agrícola de su tierra. Además, hemos de tener en cuenta que posiblemente por las inmediaciones del asentamiento actual de Moraleja transcurriría la calzada romana que iba desde Alconétar hasta Caurium y desde allí, atravesando la Sierra hasta Mirobriga. Esta calzada es más conocida en su etapa medieval, identificándose entonces con el nombre de vía Dalmacia.

En la Edad Media con la muerte de Alfonso VII, su reino se reparte entre sus hijos Sancho y Fernando; Castilla será gobernada por Sancho III, mientras que León, reino en el que se integra esta comarca, lo será por Fernando II.

En nuevo rey leonés cuenta con un territorio que se extiende desde Galicia hasta el río Tajo. En su área más meridional, la zona comprendida entre la Sierra de Gata y el citado río Tajo, denominada la Transierra.

Posteriormente los almohades volverían a tomar casi toda la Transierra y bajo el mandato de Abu Yacub Yusuf en el último tercio del siglo XII caen en su poder Alcántara, el Castillo de Milana y otras fortalezas de la Sierra de Gata, hasta su reconquista definitiva por Alfonso IX a comienzos del siglo XIII.

En este ambiente histórico de Reconquista hay que situar el entorno geográfico de Moraleja, cuya tierra lógicamente se vería inmersa en estos conflictos y andanzas bélicas. Sin embargo, el antecedente de lo que hoy es Moraleja lo encontramos unos kilómetros más al sur, en el enclave ya citado de Milana.

El Catastro de Ensenada fechado en 1753, describe el tipo y dedicación de las tierras, hortalizas en el regadío, en el secano cereales, viñas, olivos, pastos para el ganado y monte alto y bajo…Destaca la producción de aceite con varios molinos para su elaboración todos ellos situados en la Ribera de Gata. Por aquel entonces Moraleja contaba con 140 viviendas de las que 10 estaban cerradas por “falta de moradores”. En 1791 contaba con 170 vecinos, de los que 110 eran jornaleros, 50 labradores, 2 zapateros, 2 sastres, 2 carpinteros y 1 herrero. En 1847 tenía 250 casas (en torno a 1200-1500 habitantes), se menciona ya la existencia de huertas y encinares, abundante cereal (centeno, trigo y cebada), aceite, vino, legumbres y una fábrica de jabón duro, 5 molinos para el aceite y 2 más para los cereales.